El argumento con el que la Corte Constitucional tumbó gran parte de la reforma al equilibrio de poderes pone en vilo las leyes aprobadas para implementar los acuerdos.
En su fallo, la Corte determinó que por “sustitución a la Constitución” era inexequible cambiar el órgano que administra la Rama Judicial del Consejo Superior de la Judicatura al Consejo de Gobierno Judicial. Dicho cambio, al entendido de los magistrados, violentaba la arquitectura judicial que instauró la carta magna de 1991 y violentaba la autonomía de la Rama para manejarse a sí misma.
Más allá de la polémica que generó la decisión, frente a si la Corte estaba entrando a suplantar las funciones del Congreso como legislador o desconocía sus facultades para reformar la Constitución, este fallo sienta un precedente de cómo podría el alto tribunal tratar las reformas en materia de paz, como el Acto Legislativo para la Paz, el blindaje jurídico y la implementación de la Jurisdicción Especial para la Paz.
El recién aprobado por Acto Legislativo y el blindaje jurídico al Acuerdo Final, que en él se establece, también podrían correr peligro, toda vez que debe ser estudiado por la Corte antes de entrar en vigencia. Al respecto, Arrubla subraya que “volver del bloque de constitucionalidad los acuerdos especiales que tienen que ver con el Derecho Internacional Humanitario es una cosa, pero todo lo acordado tiene que ver con el DIH, como participación en política, tema agrario, narcotráfico y justicia; eso puede poner en vilo el tema de la sustitución de la Constitución”.